取甲表面、甲下碎屑、甲组织进行真菌镜检常可发现真菌菌丝和孢子，可以协助诊断，但不能确定致病菌种;将上述组织置于培养基进行培养，经过2-4周，可分离出致病真菌，这样有利于制定治疗方案。病理检查发现菌丝和孢子时可确诊，为诊断甲真菌病的金标准，注意病理检查时同时做真菌培养。
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