本病应与下列疾病鉴别：(1)
慢性细菌性痢疾：往往有过明确的急性细菌性痢疾史，且从粪便、直肠拭子或内镜检查时所取得的渗出物进行培养，可分离出痢疾杆菌，抗菌药治疗有效。(2)慢性阿米巴肠病：病变以近端结肠为主，
溃疡的边缘为潜行性，介于溃疡之间的结肠粘膜正常，粪便中可找到溶组织阿米巴包囊或滋养体，用抗阿米巴药物治疗有效。(3)肠道激惹综合征：粪中可有大量粘液，但无脓血。除肠道症状外，患者往往伴有头痛、焦虑不安、注意力不集中、
失眠等明显的神经官能性症状，x线和结肠镜检查仅提示有结肠痉挛等改变，而无别的炎症病变可见。(4)
结肠癌：本病多见于中年以后，表现为腹泻、脓血便和肠梗阻等。x线检查显示病变部位有粘膜破坏、肠壁僵硬、充盈缺损及肠腔狭窄等肿瘤征象；直肠指诊可触及肿块，内镜检查可见到癌肿，并可经活组织检查证实。但必须指出，有时可在结肠癌的基础上并发结肠炎；或反之，在溃疡性结肠炎的基础上并发结肠癌。(5)克隆病：克隆病病变主要侵犯回肠末端，腹痛多位于右下腹或脐周，里急后重少见，粪便常无粘液脓血，腹部肿块，瘘管形成，肛门及直肠周围病灶较多见；x线钡剂造影检查于回肠末端可见线样征；乙状结肠镜检查多属正常，若累及直肠和结肠时，可见病变部位粘膜呈卵石样隆起，有圆形、纵行线状或匐行性溃疡，多无渗出性或接触性出血，病变呈节段性分布，粘膜活组织检查对诊断有一定的帮助。(6)血吸虫病：有与流行区疫水接触史，粪便可检出血吸虫卵或孵化毛蚴阳性。内镜下，见到粘膜下黄色颗粒等典型病变，直肠粘膜活组织压片低倍镜检可找到虫卵，此外，可有肝、脾肿大，血中
嗜酸性粒细胞增多等其他临床表现，在有效的抗血吸虫病治疗后症状好转。
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