有关病因学说众多，至今尚未定论。多数认为是先天性疾病，亦有认为有获得性因素参与形成。主要学说有三种：
1.先天性异常学说
认为在胚胎发育期，原始胆管细胞增殖为一索状实体以后，再逐渐空化、贯通，如某部分上皮细胞过度增殖，则在空泡化再贯通时过度空泡化而形成扩张。
有些学者认为，
胆管扩张症的形成需有先天性和获得性因素的共同参与。胚胎时期胆管上皮细胞过度增殖和过度空泡形成。所造成的胆管壁发育薄弱是先天因素，再加后天的获得性因素，如继发于
胰腺炎或壶腹部炎症的胆总管末端梗阻，及随之而来发生的胆管内压力增高，最终将导致胆管扩张的产生。
2.胰胆管合流导常学说
认为由于胚胎期，胆总管与主胰管未能正常分离，两者的交接处距乏特（Vater）壶腹部较远形成胰胆管共同通道过长，并且主胰管与胆总管的江合角度近乎直角相交，因此胰管胆管吻合的部位不在十二指肠乳头，而在十指肠壁外局部。无括约肌存在，从而失去括约肌功能，致使胰液与胆汁相互返流。当胰液分泌过多而压力增高，使胆管发生扩张。近年开展逆行胰胆管造影证实，有胰管胆管合流流高达90～100%，且发现扩张胆管内淀粉酶含量增高这一事实。在动物实验中观察到胰液进入胆道后，淀粉酶胰蛋白酶弹力蛋白酶的活性增强，这可能是胆管损伤的主要原因。
3.病毒感染学说
认为
胆道闭锁新生儿
肝炎和胆管扩张症是主要病因，是肝胆系炎症感染的结果。在病毒感染之后，肝脏发生巨细胞变性，胆管上皮损坏，导致管腔闭塞（胆道闭锁）或管壁薄弱（胆管扩张），但目前支持此说者已见减少。
