等孢球虫感染可持续数周乃至数年,大多症状轻微,腹泻 为其主要症状,大便以黏液便 多见,嗜酸性粒细胞常大量存在,但中性粒细胞则罕见,腹泻一天数次,但也有报告每天达二十余次持续3~4天,周期性发作达数月之久,此外,患者常有腹部绞痛,发热,恶心 ,呕吐,食欲减退 ,体重下降等,少数患者有小肠吸收不良,特别是脂肪吸收不良,大便中含有粗大的脂肪颗粒,国外“志愿者”实验感染或实验室工作人员意外感染者中,症状以腹部不适 ,低热 ,腹泻多见,腹泻始于感染后1周,持续5~10天即可自愈,但大便中卵囊排出可继续10~20天,本病存在无症状带虫者,但由于大便中卵囊常被遗漏,准确的无症状带虫者数量无法确定。
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